电商企业在支付员工的体检费时，通常应将其计入“管理费用——福利费”科目。具体的会计分录如下：
1. 计提体检费时的会计分录：
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借：管理费用——福利费
贷：应付职工薪酬——职工福利费
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2. 实际支付体检费时的会计分录：
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借：应付职工薪酬——职工福利费
贷：银行存款
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结转损益时，将管理费用——福利费转入本年利润：
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借：本年利润
贷：管理费用——福利费
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请注意，根据企业的具体情况和会计政策，可能会有所不同。
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